На 01.01.2023 г. музейный фонд Волгодонского эколого-исторического музея составил 121675 предметов.

Все музейные предметы отнесены к 15 научным коллекциям:

1. «Живопись. Иконопись». (Собрание иконописи XVI – н. ХХ вв.; произведения изобразительного искусства XIX–ХХI веков.)
2. «Изобразительные источники. Графика». (Работы известных художников-графиков, в том числе - уникальное собрание российского и зарубежного экслибриса.)
3. «Металл». (Изделия художественного и бытового металла, в том числе коллекции ювелирных украшений и холодного оружия.)
4. «Нумизматика». (Монеты, награды, коронационные жетоны, бумажные деньги, знаки и значки различной тематики.)
5. «Керамика. Стекло». (Майолика, фаянс, фарфор, стекло в произведениях российских и зарубежных мастеров XVIII-XX веков.)
6. «Археология». (Коллекция формируется предметами, поступающими из археологических раскопок и разведок, проводимых на территории Ростовской области.)
7. «Естественно-научный фонд». (Основой данного фонда является палеонтологическая коллекция, а также коллекция морских и океанических раковин.)
8. «Ткани». (Военно-исторический костюм, бытовая одежда, предметы декоративно-прикладного искусства и этнографии XIX–ХХ веков, бытовавшие среди населения донского края, а также государственные и политические атрибуты различных периодов истории.)
9. «Дерево». (Предметы XVIII-XX вв. историко-этнографического, культового и бытового назначения.)
10. «Механизмы. Приборы». (Старинные и современные механизмы и приборы, в том числе - собрание огнестрельного оружия различных исторических периодов российского и зарубежного производства.)
11. «Рукописные и печатные документы». (Рукописные и печатные документы по истории восточного региона Ростовской области и города Волгодонска.)
12. «Фотографии». (Фотодокументы по истории восточного региона Ростовской области и города Волгодонска.)
13. «Памятники звукозаписи, киноматериалы». (Граммофонные пластинки, фонозаписи, документальные фильмы о строительстве Цимлянского гидроузла, завода «Атоммаш», Волгодонской АЭС, города Волгодонска.)
14. «Негативы». (Уникальные негативы с изображениями памятников донской архитектуры, свыше 15 тысяч негативов по истории строительства города Волгодонска и крупных промышленных объектов, по теме формирования берегов Цимлянского водохранилища в 1950-х годах.)
15. «Книги. Газеты. Брошюры». (Старинные рукописные и печатные книги XVII – начала ХХ веков; газеты и журналы конца XIX – XXI вв., отражающие историю и общественно – политическую жизнь России, Ростовской области и города Волгодонска.)

Археология	Дерево	Естественно-научный фонд	Живопись. Иконопись	Изобразительные источники. Графика
Керамика. Стекло	Книги. Газеты. Брошюры	Памятники звукозаписи, киноматериалы	Рукописи и печатные документы	Ткани
Фотографии	Нумизматика	Негатив	Механизмы. Приборы	Металл